Cada vez que la tierra se haya agotado (cada 2 ó 3 años) es necesario trasplantarlos, segun la especie y situación de cada ejemplar. Han de cortarse a la vez parte de las raíces y podar las ramas en una proporción similar.

La época ideal para trasplantar es la primavera del árbol, que es el periodo en que las yemas comienzan a hincharse para brotar. Es un periodo que varía de una clase de bonsai a otra. En este momento las raíces llevarán unas 2 ó 3 semanas de crecimiento tras la pausa invernal y las cicatrices cerrarán rápido. trasplantar en invierno tiene el inconveniente de que cualquier cicatriz tardará semanas o meses en cerrar con el peligro de enfermedad del bonsai.

Si tardamos mucho en trasplantar un bonsai, sus raíces se desarrollarán en exceso, con lo que la capacidad para retener agua disminuye y deberemos regar con mayor frecuencia. Si lo posponemos lo suficiente en ocasiones podemos ver como el árbol se va “levantando” de la maceta a causa del gran cúmulo de raíces que hay debajo.