La poda es lo más importante en el arte del bonsái. Además de cortar ramas, brotes y hojas para reducir la copa del bonsai también se lleva a cabo para mantener la salud y fortalecer la planta.

Distinguimos diferentes operaciones:

* En las hojas, despunte y recorte:

Consiste en cortar los brotes que surgen de las ramas. Este procedimiento se lleva a cabo para dar forma y vigorizar al bonsái. La operación se desarrolla cortando los brotes sobre la yema para obtener una rama futura del peciolo restante. Por lo general dejar 2-3 pares de hojas de las 6 primitivas dejando un cierto espacio para evitar dañar las yemas presentes debajo del peciolo y así tener un bonsai más equilibrado.

* En las ramas, poda básica y poda estructural:

Es una de las maneras para "formar" la copa del árbol. Consistirá en cortar las ramas más desacordes con la idea que tenemos en la cabeza sobre la estructura del arbol. Básicamente se lleva a cabo 6 diferentes operaciones, pero,como hemos dicho anteriormente, es un proceso donde el gusto de la persona es más interesante que la teoría escrita:

1. Pensar la idea que queremos de la copa.
2. Recortar las ramitas que forman parte del tronco (principalmente dejar una tercera parte de la estructura aerea).
3. Cortar las ramas antiestéticas.
4. Cortar una de las diversas que surjan del mismo nivel.
5. Eliminar las que se agrupen en un mismo punto.
6. Cortar las ramas que crezcan hacia el suelo.

* En las raíces, poda de raíces subterráneas y aéreas:

Cortar 2/3 de las raices durante el transplante.

En el caso de los bonsáis tropicales que contienen raices visibles, éstas pueden ser cortadas sin ningun problema dejando 2/3 de las mismas.